В центре Манхэттена в нью-йоркском зоопарке живут зебра Марти, лев Алекс, гиппопотамиха Глория и жираф Мэлман. Они любят публику и вполне довольны жизнью, вот только Марти мечтает о воле, о дикой природе. Друзья его отговаривают, но когда отряд пингвинов устраивает побег в Антарктику, Марти сбегает вместе с ними. Троица спешит ему на выручку, Нью-Йорк в ужасе. Возмущенная звериным побегом публика вынуждает власти зоопарка отправить животных на историческую родину в Кению. Однако по пути случается пересадка на острове Мадагаскар, населенном лемурами и поедающими их фоссами при полном отсутствием людей, решеток и шницелей...