In Republica Moldova, antiromanismul s-a manifestat ca o reactie impotriva miscarii unioniste, a unei parti insemnate din clasa politica locala, sustinuta de cea mai mare parte dintre minoritatile conlocuitoare, si de toti cei dintre Moldoveni care ar fi avut de pierdut in caz de biruinta a miscarii unioniste.Principalul argument al antiromanismului in Republica Moldova este "moldovenismul", dezvoltat in URSS inca inainte de 1940 in cadrul Republicii Socialiste Sovietice Autonome Moldovenesti din Ucraina, dar care cauta in prezent sa demonstreze intaietatea sa asupra constiintei nationale si asupra limbii romanesti, prin reinterpretarea a posteriori a identitatii locale medievale si traditionale a voievodatului Moldovei.Dupa dezmembrarea URSS, mai multe reforme legislative au consolidat pozitia etnicilor romani din Moldova, mai ales prin stabilirea limbii romane ca limba oficiala. Relatiile dintre guvernele Republicii Moldova si Romaniei au fost la inceput foarte cordiale, Romania fiind primul stat din lume care a recunoscut independenta Republicii Moldova. Cand parlamentarii moldoveni au ales calea independentei mai degraba decat cea a unirii cu Romania, presedintele Mircea Snegur a dezvoltat doctrina numita "Un popor, doua state". Aceasta doctrina afirma Republica Moldova ca "patrie a Moldovenilor Romani, Rusi, Ucraineni, Gagauzi, Bulgari s. a., toti cetateni egali in drepturi si toti deopotriva Moldoveni, fie ca apartin limbii, istoriei si culturii poporului Roman, Rus, Ucrainean, Gagauz sau Bulgar".Dupa alegerile din 1996 insa, identitatea romaneasca a populatiei majoritare si basinasa a inceput din nou sa fie negata, articolele 12 si 13 din noua Constitutie ulterior adoptata, afirmand ca in epoca sovietica, "diferenta dintre limba romana si limba moldoveneasca", dar pastrand aceasta limba ca "limba de stat si de comunicare interetnica". Dupa alegerile din 2001, castigate de Partidul Comunistilor din Republica Moldova, s-a incercat initial sa se acorde limbii ruse statutul de limba de stat, dar initiativa a esuat datorita opozitiei intampinate; in schimb, limba rusa a recapatat statutul de limba de comunicare interetnica (pierdut in septembrie 1989), ceeace in practica ii obliga pe toti locuitorii republicii Moldova sa cunoasca limba federatiei Ruse, dar nu limba de stat a tarii.De atunci incoace, relatiile dintre guvernele Republicii Moldova si Romaniei sunt tensionate, Vladimir Voronin acuzand Romania de imperialism, chiar daca oficial, presedintele Voronin si presedintele Traian Basescu au declarat amandoi intentia de a imbunatati colaborarea celor doua state.In 2006, Scoala Romano-Franceza Gheorghe Asachi din Chisinau a fost fortata sa isi schimbe numele in Scoala Moldo-Franceza Gheorghe Asachi. Guvernul a fost acuzat ca modifica doar denumirile care se refera la limba romana, acesta intrucat altor scoli ca Scoala Ruso-Ucraineana Necui-Levitki li s-au permis sa isi pastreze denumirea. In semn de protest, patru elevi de la Scoala Asachi au inlocuit pancarta cu noua denumire cu o alta pe care era din nou specificat vechiul nume. Cei patru elevi au fost acuzati de "huliganism grav in grup".In Transnistria, situatia este mult mai rea. Dupa razboiul din 1992 dintre separatisti si Republica Moldova, populatia romana a fost persecutata in mod repetat, ducand la emigrarea a unui numar de 5.000-10.000 de romani din regiune. Desi in Transnistria traieste un numar semnificativ de romani, limba romana nu este folosita aproape niciodata in public.Scolile romanesti reprezinta app. 11% din numarul total de scoli din Transnistria, desi conform recensamantului din Transnistria in 2004, romanii sunt 31,9% din populatie. Majoritatea acestor scoli sunt fortate sa predea in alfabetul chirilic si folosesc manuale comuniste create acum 40 de ani. Doar 6 scoli au permisiunea de a preda in limba romana, in alfabetul latin; exista insa semnale ca asupra acestora se efectueaza presiuni pentru a fi inchise. Criza scolara din 2004 este un exemplu in acest sens, guvernarea pro-rusa din Tiraspol incercand sa inchida cu forta 2 dintre aceste scoli. La orfelinatul din Tighina, copii romani care s-au intors din vacanta au gasit orfelinatul inchis de politie. Dupa ce au stat o noapte afara, au intrat cu forta in cladire si au stat acolo, fara apa si electricitate timp de cateva luni, pana cand, datorita interventiilor guvernelor Republicii Moldova, a Romaniei cat si a OSCE situatia a fost rezolvata. Multi parinti romani au fost arestati sau concediati datorita simpatiilor politice sau determinarii lor de a isi tine copii in scoli in limba romana.Cetatenii care au exprimat vederi pro-romane sau chiar pro-moldovenesti sunt supusi unor politici de persecutare si intimidare in Transnistria. Grupul Ilie Ilascu este cel mai cunoscut si bine-documentat dintre aceste cazuri.