Разгромив своего заклятого врага Шреддера, черепашки-ниндзя Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль стали отдаляться друг от друга. Их сенсей — крыса по прозвищу Мастер Сплинтер — очень не хочет, чтобы они разлучались, тем более, что в Нью-Йорке опять становится неспокойно. Дело в том, что промышленник Мак Уинтерс собирает армию из древних монстров, чтобы завоевать мир. Воспрепятствовать же его зловещим планам способна только отважная четверка черепашек-ниндзя. Вместе со своими старыми союзниками Эйприл О’Нил и Кейси Джонсом герои вступают в смертельное противостояние с представителями таинственного клана, которые ставят свое боевое искусство ниндзя на службу коварному Уинтерсу…